Ему поручалось сформировать высший законодательный и административно-исполнительный орган восстания для всей Речи Посполитой -Высшую народную раду (образована 21 мая). Еще раньше были образованы некоторые местные органы управления, а также Высшая Народная рада Великого княжества Литовского (24 апреля), которая назначила начальником повстанческих вооруженных сил Великого княжества Якуба Ясинского.
Началось восстание 24 марта 1794 г. В этот день на Рыночной площади Кракова был оглашен Акт восстания, которым Костюшко провозглашался Высшим и единственным начальником вооруженных сил и руководителем всего восстания.7 мая Костюшко издал Полонецкий универсал, которым упразднялось крепостное право, но без наделения крестьян землей.
Начальный военный успех восстания (битва под Рацлавицами) был достаточно быстро сдержанный российскими войсками, восстание было подавлено на восточных землях Речи Посполитой, а после военного выступления Пруссии стратегическое положение восстания стало безнадежным. В октябре - ноябре 1794 г. войска восставших потерпели ряд поражений, тяжело раненый Костюшко попал в плен. Начальником вооруженных сил 12 октября 1794 г. Высший совет назначил вместо Костюшко его земляка уроженца Беларуси Томаша Вовжецкого, однако ни по авторитету, ни по военным способностям он не мог даже близко сравниться с Костюшко.
4 ноября войска под командованием А. Суворова овладели укрепленным пригородом Варшавы Прагой, после чего король Речи Посполитой и его сторонники настояли на капитуляции Варшавы. За успешное подавление восстания Суворов получил в награду в собственность из Брестской экономии 13 тыс. 279 крепостных крестьян (мужчин и женщин), а всего в Беларуси и Литве было роздано русским помещикам с 1772 по 1796 около миллиона крепостных крестьян.